Sugerowano, że główną aktywną substancją czosnku jest allicyna i że produktem jej rozpadu są siarczki. Jeżeli ząbek czosnku lub główka cebuli nie zostaną przecięte, nie wydobędzie się z nich charakterystyczny, silny zapach; on pojawia się dopiero wtedy, gdy te rośliny zostaną naruszone.

Kiedy komórki tworzące ząbek czosnku zostaną przecięte lub zniszczone, wydzielają dwie substancje: allinę i allinazę. Ten ostatni jest enzymem, który łączy się z alliną, tworzy allicynę, która daje znany, ostry zapach.
Ilość allicyny zaczyna się zmniejszać od momentu, kiedy zostanie wytworzona, a szybkość tej reakcji zależy od temperatury. Jeśli czosnek był przechowywany w lodówce, można ją jeszcze wykryć kilka dni po tym jak została wyprodukowana. Natomiast w temperaturze pokojowej natychmiast rozkłada się na inne substancje. Dotychczas uważano, że allicyna jest „cudowną cząsteczką" czosnku, przynoszącą korzyści zdrowotne. Ale ten pogląd jest obecnie uznawany za błędny. Prawdopodobne jest to, że korzystne właściwości czosnku pochodzą z bioproduktów powstałych w wyniku rozpadu allicyny, tj. siarczków.